Smrt Lažnega Dmitrija ni ustavila težav. Državljanska vojna se je nadaljevala, zajela je nova dežela, pojavili so se novi prevaranti. V prvem mesecu svojega vladanja je moral Vasilij Šujski zatreti več poskusov nastopov moskovskih mestnih nižjih slojev. V Moskvi so se bali, da bo poljski kralj Sigismund začel vojno za strmoglavljenje prevaranta in premagovanje Poljakov. Zato so od več tisoč poljskih gostov in najemnikov Lažnega Dmitrija, ki so preživeli majsko vstajo v Moskvi, izpustili le prosto prebivalce, plemenite ljudi pa pustili kot talce, jih dobro vzdrževali in razdelili pod nadzor po različnih mestih. Shuisky je kršil diplomatski bonton in celo pridržal poljsko veleposlaništvo Gonsevskega v Moskvi.
Vendar so bili ti strahovi zaman. Poljska sama je imela težke čase. Poljaki so začeli vojno s Švedsko in ji odvzeli mesto Pernov (Pärnu) v Livoniji. Poleg tega so zaporoški kozaki pod vodstvom hetmana Sagaidačnega izvedli številne uspešne racije in oropali Kafo in Varno. To je razjezilo Osmanlije in napovedali vojno Commonwealtu. Res je, glavne sile turške vojske so bile povezane z vojno s Perzijo, pomožne enote pa so bile napotene proti Poljski, Poljaki pa so napad odbili. Na sami Poljski so nekateri magnati, nezadovoljni s kraljevo politiko, vznemirili. Državo je zajela državljanska vojna. Zato Poljaki niso imeli časa za Moskvo.
Tako je Moskva spregledala resnejšo grožnjo - notranjo. Konec koncev težave, ki so povzročile težave, niso bile rešene. Zunanja grožnja je igrala pomembno, vendar ne glavno vlogo. Pokrajina je bila ogorčena: Bojarska duma je izvolila carja brez potrebne podpore vseh dežel. Izkazalo se je, da so bojci ubili "dobrega carja" in zavzeli oblast ter prestol predali "bojarskemu carju". Pokrajina je burila: iskalni izraz za ubežnike se je povečal na 15 let; vojaki so se spomnili velikodušnih nagrad Lažnega Dmitrija; prebivalci juga so se bali maščevanja in terorja (kot pri Godunovu) zaradi pomoči prevarantu; zaskrbljen zaradi kozakov, ki so aktivno podpirali lažnivca; Shuisky se je znebil privržencev Lažnega Dmitrija in jih poslal stran od prestolnice, mnoge so poslali v južne meje.
Poleti 1606 so spontani upori zajeli ves jug države, ki so ga vznemirjale govorice o "odrešitvi dobrega carja Dmitrija". Središče boja proti novemu kralju v Severni deželi je bila "prestolnica" prvega prevaranta - Putivl. Tu so si vstajniški meščani, kmetje, za "velikega poveljnika" izbrali Ivana Bolotnikova, ki je k njim prišel z odredom. Ivan Bolotnikov je bil po najbolj razširjeni različici kmet kneza Telyatevskega. V mladosti je pred svojim gospodarjem pobegnil v stepo k Kozakom, tukaj so ga ujeli Tatari in ga prodali v suženjstvo Turkom. Več let je preživel v suženjstvu, na galijah kot veslač. Po neuspešni pomorski bitki s krščanskimi ladjami za Turke je bil izpuščen in se odpravil v Benetke, kjer je živel v nemškem trgovskem naselju. Od tod, ko je slišal zgodbe o začetku težav v ruski državi, se je Bolotnikov preselil skozi Nemčijo in Poljsko v Rusijo. Govorice o "čudežnem odrešenju" moskovskega carja Dmitrija so Ivana pripeljale v Sambor, kjer se je z ženo Jurijem Mnišekom Yadvigo skrival moskovski begunec Mihail Molčanov, nekdanji zaveznik Lažnega Dmitrija I. Molčanova, in se predstavil kot kralj. Ta pustolovec se je Bolotnikovu predstavil kot car, ki je pobegnil po majskem prevratu v Moskvi. Novi prevarant se je dolgo pogovarjal z Bolotnikovim, nato pa mu dostavil pismo knezu Grigoriju Šahovskemu in ga poslal v Putivl kot svojega osebnega odposlanca in »velikega vojvodo«.
Pravzaprav je državljanska vojna vstopila v aktivno fazo. Bolotnikova vojska je vključevala glavna posestva in družbene skupine ruske države: kmete in sužnje, severne, tereške, volške in zaporoške kozake, predstavnike plemstva. Poleg tega so vstajo podprli predstavniki aristokracije, med njimi princ Grigorij Šahovski in černigovski vojvoda Andrej Telyatevsky, nekdanji lastnik Bolotnikov.
Poleti 1606 30 tisoč. Bolotnikova vojska se je preselila v Moskvo. Ujeti sta bili trdnjavi Kromy in Yelets, katerih bogati arzenali so napolnili rezerve upornikov. Vladne enote pod poveljstvom guvernerjev knezov Vorotynsky in Trubetskoy so bile poražene pri Kromyju in Yeletsu. Številni vojaki iz carskih čet so prešli na stran upornikov. Uporniki so z izkoriščanjem napak carskih guvernerjev hitro napredovali proti Moskvi. Vse več odredov uporniških kmetov se je zlilo v vojsko Bolotnikov. Še več, na poti v Moskvo so se Bolotnikovu pridružili veliki odredi servisnih plemičev, ki so nasprotovali bojarskemu carju Šujskemu. Višji rjazanski guverner Prokopy Lyapunov in mlajši - Grigory Sumbulov, sta vodila rjazansko milico, streltskega stotnika Istoma Paškova - velik odred uslužbencev. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir in Astrakhan so se uprli. Na Volgi so se uprli Mordovci in Mari (Cheremis), ki so oblegali Nižni Novgorod.
Uporniki na poti v Moskvo so se približali Kolomni. Oktobra 1606 je bil napadan Posad Kolomna, vendar se je Kremlj še naprej upiral. Bolotnikov je zapustil manjši del svojih sil v Kolomni in se odpravil po cesti Kolomna proti Moskvi. V vasi Troitskoye v okrožju Kolomensky mu je uspelo premagati vladne čete. 22. oktobra je bila Bolotnikova vojska nameščena v vasi Kolomenskoye pri Moskvi. Tu je zgradil zapor (trdnjavo) in začel pošiljati pisma v Moskvo in različna mesta, v katerih je pozival k podpori zakonitemu suverenu Dmitriju Ivanoviču in vzbujal prikrajšane in revne proti bogatim. »Vsi, sužnji bojarski, premagajte svoje bojare, vzemite njihove žene in vse njihovo premoženje, posestva in posestva! Vi boste plemeniti ljudje in vi, ki ste jih imenovali vohuni in brezimni, pobijate goste in trgovce, si delite trebuh! Bili ste zadnji - zdaj boste prejeli bojarje, sprevrženost, vojvodstvo! Poljubi ves križ zakonitemu vladarju Dmitriju Ivanoviču! Zato so pot Bolotnikovih čet spremljali grozni pogromi, ljudje so se na teror odzvali grozljivo, se borili, kot da so tujci naokoli (carske čete na ozemljih, ki so jih zajeli vstaje, so delovale na podoben način).
Bolotnikova milica je še naprej rasla, iz nje so izstopali ločeni odredi, predvsem od sužnjev, ki so s svojimi napadi in ropi prestolnico držali v obleganem stanju. Novembra so se Bolotnikov pridružili kozaki Ilejke Muromets. Bil je še en prevarant, ki se je predstavljal kot Carevič Peter Fjodorovič, ki v resnici nikoli ni obstajal kot sin carja Fjodorja I. Ivanoviča. Moskovčani so bili že pripravljeni ubogati Bolotnikova in zahtevati le, da jim pokažejo Careviča Dmitrija, in celo začeli pogajanja z njim. Veseli Bolotnikov je poslal glasnike v Putivl. Tako, naj "car" pride prej, zmaga je blizu. Toda Dmitrij se nikoli ni pojavil. Mnogi so začeli izražati dvome o obstoju Dmitrija in prešli na stran Shuiskyja.
Medtem Shuisky ni mirno sedel in se aktivno pripravljal na protinapad. Predmestja in naselja Moskve so bila utrjena. Čete guvernerjev Skopin-Shuisky, Golitsyn in Tatev so se naselile pri Serpuhovih vratih, od koder so opazovale sovražnikovo taborišče. Med Moskvo in okoliškimi mesti je bila vzpostavljena komunikacija, čete so varovale ceste. Novembra so prispele okrepitve iz Tvera in Smolenska, ki so jih večinoma sestavljali plemiči in meščani. Hkrati se je Shuisky aktivno pogajal s plemenitim delom uporniškega taborišča. Ljapunovi in Paškov so sovražili Shuiskyja, vendar so se bali umora "rulja".
Bolotnikova vojska je narasla na 100 tisoč ljudi (njegove enote so delovale na velikem ozemlju), vendar so se njegove bojne sposobnosti zmanjšale. Med uporniki je bilo veliko sužnjev, potepuhov, kmetov, ki niso imeli bojnih izkušenj, so bili slabo oboroženi in organizirani. Kozaki in plemiči - dve bojni jedri vojske, bili so zaničeni. Vendar sta si tudi nasprotovala. Posledično je v vojski Bolotnikova prišlo do razkola: eno taborišče so sestavljali plemiči in bojarski otroci, drugo - sužnji, kozaki in drugi ljudje. Slednji sta imela za voditelja Ivana Bolotnikova, prva - Istoma Paškova in brata Lyapunov. Med voditelji je prišlo do nesoglasij, zato so najprej Lyapunovi in nato Istoma Paškov prešli na stran Šujskega. Shuisky je medtem temeljito utrdil Moskvo in ustanovil novo vojsko iz milic drugih mest. Poleg tega je Shuisky zvabil številne plemiče iz taborišča Bolotnikov in jim obljubil nagrado in čin.
Ker je videl, da se stanje slabša in sile Shuiskyja rastejo, se je Bolotnikov odločil za napad. 26. novembra je poskušal zavzeti samostan Simonov, vendar so ga carske čete porazile pod poveljstvom mladega in nadarjenega poveljnika, nečaka carja Mihaila Skopina-Šujskega. V odločilnem trenutku bitke je velik plemiški odred Paškova zapustil taborišče upornikov, kar je odločilo o izidu bitke v korist carske vojske. Bolotnikove čete so se ukoreninile v taborišču Kolomna. Skopin-Shuisky je oblegal Bolotnikovce in začel granatirati. Car Vasilij se je poskušal dogovoriti z Bolotnikovim samim, obljubil visok čin, vendar je vodja upornikov zavrnil mir. Po treh dneh topniškega ognja Bolotnikova pestra vojska ni zdržala in je zbežala. Del kozakov se je prijel pri vasi Zaborie, kjer so 2. decembra upornike spet premagali. Kozaki atamana Bezzubtseva so prešli na stran Skopina-Šujskega. Car Vasilij jim je odpustil. Preostali zaporniki, odvzeti v bitki ali med letom, so bili obešeni ali omamljeni s palicami, utopljeni. Bolotnikov je pobegnil v Serpukhov, nato pa Kaluga, Ileika Muromets v Tulo.
Tako uporniki nikoli niso mogli zavzeti prestolnice. V odločilni bitki so carski vojvodovi porazili Bolotnikovce, kar je olajšala izdaja plemiških odredov, ki so prešli na stran carja Vasilija Šujskega.
Bolotnikov je v Kalugi zbral približno 10 tisoč ljudi. Oblegale so ga carske čete. Vendar je bil glavni poveljnik brez talenta brat carja Ivana Šujskega. Posledično se je obleganje Kaluge zavleklo od decembra 1606 do maja 1607. Uporniki so se spretno in obupano branili, odbijali napade, drzni leteli in povzročali veliko škodo carističnim četam. Carski guvernerji so se odločili požgati leseno trdnjavo in po mobilizaciji okoliških kmetov začeli dobavljati drva, s katerimi so obložili stene. Vendar so uporniki uganili ta načrt in razstrelili "pometanje", pri čemer so pobili in osakatili veliko število carističnih bojevnikov. V tem času so drugi uporniki poskušali odblokirati Kalugo, vendar so bili poraženi. Tako je odred Mezetskega, ki ga je Shakhovski poslal iz Putivla, da je rešil Bolotnikova, na reki premagala vojska Ivana Romanova. Vyrke.
Kasneje so se vojaki Telyatevskega in Pseudo-Petra poskušali prebiti do Bolotnikova. 1. maja 1607 so don in ukrajinski kozaki premagali carske čete na reki Pchelni. Bolotnikov je izkoristil zmedo med oblegano vojsko in odšel na boj ter premagal carske guvernerje, ki so se umaknili, pri čemer so opustili topništvo in prtljažni vlak. Del carističnih čet je prešel na stran upornikov. Le polk Skopin-Shuisky se je umaknil v popolnem redu. Po tem se je Bolotnikov preselil v Tulo, kjer je bila močnejša kamnita trdnjava, in se združil z drugimi uporniškimi odredi.
Nato je Bolotnikov začel 2. kampanjo proti Moskvi. Vendar car Vasilij ni sedel križem rok. Napovedana je bila mobilizacija "tribute" ljudi ("tribute" - bojevniki, poklicani iz meščanov in kmečkih skupnosti) po vsej državi in osebno vodil veliko vojsko, ki se je oblikovala v Serpuhovu. Središča upora so se postopoma rušila. Upornike so odpeljali nazaj iz Nižnega Novgoroda. A. Golitsyn je premagal Telyatevskega pri Kaširi. Pojav nekega neznanega Petra namesto pričakovanega "dobrega carja" Dmitrija, ki je sprožil teror nad nasprotniki, mnoge ohladil, uporniška mesta so se umirila, prinesla priznanje. Maja se je carska vojska premaknila proti upornikom. V kampanji je sodeloval sam car, posameznim polkom pa so poveljevali Mihail Skopin-Šujski, Peter Urusov, Ivan Šujski, Mihail Turenin, Andrej Golicin, Prokopy Lyapunov in Fjodor Bulgakov.
Bolotnikovci so poskušali zaobiti glavne sile carske vojske in oditi v Moskvo, a so mimo Kašire uporniki pri reki Vosmi srečali bok carske vojske. 5. do 7. junija 1607 je prišlo do bitke. Bolotnikovci so imeli prednost v moči - 30-38 tisoč vojakov. Vendar je guverner Tule izdal Bolotnikov in s 4 tisoč. odred je prešel na stran carskih čet. Ryazanski odredi Lyapunova so šli v hrbet Bolotnikove vojske. To je povzročilo paniko med Bolotnikovci in oni so se umaknili. Del Bolotnikovih čet je bil odrezan in ujet, ujetnike so usmrtili. Po bitki pri Vosemsku je bila Bolotnikova vojska odgnana nazaj v Tulo.
Car Vasilij Šujski je poslal več polkov na čelu z Mihailom Skopinom-Šujskim po Bolotnikova. Na obrobju Tule se je Bolotnikov odločil za boj na reki Voronya, uporniki so se zaprli s serifi in dolgo časa odbijali napad carske konjenice. Obe strani sta utrpeli velike žrtve. Vendar pa so lokostrelci naredili krožni manever, Bolotnikovci so zamahali in pobegnili, mnogi so bili med preganjanjem ubiti. Bolotnikov je v teh bitkah izgubil polovico svojih vojakov - približno 20 tisoč ljudi. S preostalimi se je zaklenil v Tulo. Tako je Bolotnikov doživel odločilen poraz in izgubil strateško pobudo.
30. junija se je car Vasilij sam z glavno vojsko približal Tuli. Sodobniki so poročali, da je carska vojska štela 100-150 tisoč ljudi. Bolotnikov in "Tsarevich Peter" nimata več kot 20 tisoč ljudi. Oblegano orožje je začelo obstreljevati mesto z obeh bregov. Vendar je imela Tula močne utrdbe, Bolotnikov pa je ostal z najučinkovitejšim jedrom upornikov. Zato so oblegani zdržali do oktobra 1607. V zgodnjih fazah obleganja so branilci mesta štartali in se pogumno branili. Vsi poskusi carskih guvernerjev, da bi mesto zavzeli z nevihto, so se izkazali za neuspešne.
Potem so se carske čete po zamisli muromskega sina bojara Ivana Krovkova odločile, da bodo z jezom blokirale reko Upu pod mestom, da bo Tula poplavljena. Na desnem močvirnatem bregu je bil postavljen jez, velik približno pol milje, ki naj bi preprečil, da bi se reka med jesensko poplavo prelila v nižino, a povzročil oster dvig vodostaja. Jesenska poplava je mesto resnično odrezala od zunanjega sveta in ga spremenila v močvirnat otok sredi popolnoma poplavljene ravnice. Poškodovano je bilo veliko streliva, zaloge žita in soli pa so bile shranjene v kleteh. Kmalu se je v Tuli začela strašna lakota in epidemija, ki je poslabšala notranja nasprotja med uporniki. Uporniki so poskušali razstreliti jez, vendar je isti Kravkov opozoril Šujskega in poskus ni uspel.
Bolotnikov je med obleganjem večkrat poslal Mihaila Molčanova in Grigorija Šahovskega, vendar neuspešno. In car Vasilij se je soočil z novo grožnjo. Pojavil se je nov prevarant - Lažni Dmitrij II., Ki mu je že uspelo zasesti Severško, Bryansk in Verkhovsko zemljo. Bolotnikovu so ponudili pogajanja o pogojih predaje mesta. Shuisky je obljubil, da bo ohranil svobodo za voditelje in udeležence vstaje. Doseženi dogovor je bil zapečaten s slovesno prisego, 10. oktobra 1607 pa je Tula odprla vrata carski vojski.
Car Vasilij je prevaral voditelje upora. Shuisky je pohitel objaviti, da odpuščanje velja le za navadne "zapornike iz Tule", ne pa za voditelje upora. Tulyaki so bili res pomilostljeni, uporniški plemiči so odšli s izgnanci. Šahovski je bil menihiran. "Tsarevich Peter" je bil obešen. Bolotnikov je bil poslan v Kargopol in se skrivaj utopil. V mesta so poslali veliko navadnih upornikov, tiste, ki so končali v Moskvi, brez hrupa in prahu, pa so zadavili.
Tako je moskovska vlada ugasnila kmečko vojno, tako da je zbrala skoraj vse rezerve in se s terorjem odzvala na teror. Vendar pa je Shuisky, potem ko je razpustil večino vojske in mislil, da se nemira bliža koncu, napačno izračunal. Vse se je šele začelo. Pojavil se je drugi lažni Dmitrij, ki so se mu pridružili ostanki bolotnikovcev. Poljska je spet postala aktivna.
