Operacija zavzetja Egipta je bila za Napoleona uspešna. Zaseden je bil Kairo, drugo od dveh velikih egiptovskih mest. Prestrašeno prebivalstvo se niti pomisliti ni upiralo. Bonaparte je celo izdal posebno razglas, ki je bil preveden v lokalni jezik, kjer je ljudi pozval, naj se umirijo. Vendar je hkrati odredil kaznovanje vasi Alkam pri Kairu, njeni prebivalci so bili osumljeni umora več vojakov, zato se arabska zaskrbljenost ni zmanjšala. Taka naročila je Napoleon brez oklevanja in obotavljanja izdal povsod, kjer se je boril - v Italiji, Egiptu, v prihodnjih kampanjah. To je bil zelo določen ukrep, ki naj bi ljudem pokazal, kako bodo kaznovani tisti, ki si upajo dvigniti roko proti francoskemu vojaku.
V mestu so našli veliko hrane. Vojaki so bili zadovoljni s plenom, ki so ga ujeli v bitki pri piramidah (Mameluki so imeli običaj nositi svoje zlato s seboj, njihovo orožje pa so krasili dragi kamni, zlato in srebro) in možnost počitka.
Kleber je uspešno podredil delto Nila. Dese je bil poslan opazovati Murada Bega. Deze je zasledoval Mameluke, jih 7. oktobra premagal pri Sedimanu in se uveljavil v Zgornjem Egiptu. Ibrahim Bey se je po več neuspešnih spopadih s Francozi umaknil v Sirijo.
Bonaparte, ki je zavzel Kairo, je lahko začel reorganizacijo egipčanskega sistema oblasti. Vsa glavna oblast je bila skoncentrirana na francoske vojaške poveljnike mest in vasi. Pod njimi je bilo ustanovljeno svetovalno telo ("kavč") iz najbolj uglednih in bogatih lokalnih prebivalcev. Poveljniki naj bi s podporo "zofe" skrbeli za red, opravljali policijske funkcije, nadzorovali trgovino in varovali zasebno lastnino. Isti svetovalni organ naj bi se pojavil v Kairu pod vrhovnim poveljnikom, ki ni vključeval le predstavnikov prestolnice, ampak tudi provinc. Mošeje in muslimanska duhovščina niso bili nadlegovani, spoštovani in nedotakljivi. Kasneje je muslimansko duhovščino celo Napoleona razglasilo za "ljubimca velikega preroka". Načrtovano je bilo poenostaviti zbiranje davkov in davkov ter organizirati dostavo v naravi za vzdrževanje francoske vojske. Vsi zemljiški dajatve, ki so jih zaračunali bei-Mameluki, so bili preklicani. Zemljiška posest uporniških fevdalcev, ki so z Muradom in Ibrahimom pobegnili na jug in vzhod, je bila zasežena.
Napoleon je poskušal prekiniti fevdalne odnose in najti podporo med arabskimi trgovci in posestniki. Njegovi ukrepi so bili namenjeni ustvarjanju vojaške diktature (vsa vrhovna oblast je bila v rokah vrhovnega poveljnika) in meščanskega (kapitalističnega) reda. Strpnost francoskih okupatorjev naj bi pomirila lokalno prebivalstvo. Moram reči, da je bil v sami Franciji odnos do katoliške cerkve med revolucijo zelo krut.
Treba je omeniti, da Napoleon ni zaman vzel barve francoske znanosti. Znanstveniki so bili med bitkami zaščiteni: "Osli in znanstveniki v sredini!" Poveljnik se je dobro zavedal velikih koristi, ki jih lahko imajo znanstveniki, če so njihove dejavnosti usmerjene v reševanje vojaških, gospodarskih in kulturnih problemov. Bonapartova odprava je imela veliko vlogo v zgodovini egiptologije. Pravzaprav je bila takrat staroegipčanska civilizacija odprta za svetovno znanost. Res je, ne moremo mimo dejstva, da so Francozi, tako kot Britanci, zelo temeljito ropali dediščino egipčanske civilizacije. To je značilnost zahodnih osvajalcev, tako v preteklosti kot v sedanjosti neposredne sovražnosti vedno spremlja ropanje. Znanstveniki pa igrajo vlogo "vodnikov", "cenilcev" ukradenega blaga. Leta 1798 je bil ustanovljen egiptovski inštitut (fr. L'Institut d'Égypte), ki je pomenil začetek obsežnega ropanja dediščine staroegipčanske civilizacije in "prilagajanje" dejstev interesom graditeljev "novega svetovnega reda".
Francoska vojska je uspela vzpostaviti mehanizem rekvizicije, ki je rešil problem oskrbe. Zbrali pa so manj denarja, kot so pričakovali. Potem so Francozi našli drug način za pridobivanje trdih kovancev. Aleksandrijski generalni guverner Kleber je aretiral nekdanjega šejka tega mesta in velikega bogataša Sidi Mohameda El Koraima, obtožil veleizdaje, čeprav ni bilo dokazov. Šeik je bil poslan v Kairo, kjer so ga prosili, naj sam plača odkupnino v višini 300 tisoč frankov v zlatu. Vendar se je El-Koraim izkazal za pohlepnega ali res za fatalista, je rekel: »Če mi je zdaj usojeno umreti, me ne bo nič rešilo in dal bom, potem je moj denar neuporaben; če mi ni usojeno umreti, zakaj bi jih potem dal? " Bonaparte je ukazal odrezati glavo in ga peljati po vseh ulicah Kaira z napisom: "Tako bodo kaznovani vsi izdajalci in krivokletniki." Šejkovega denarja nikoli niso našli. Toda za druge bogate ljudi je bil ta dogodek zelo pomemben dogodek. Nove oblasti so bile glede denarja zelo resne. Nekaj bogatih ljudi se je izkazalo za veliko bolj popustljivo in so dali vse, kar so od njih zahtevali. V času po usmrtitvi El-Koraima je bilo zbranih približno 4 milijone frankov. Preprostejši ljudje so bili "odtujeni" brez posebnih slovesnosti in "namigov".
Vsi poskusi upora Napoleon je neusmiljeno zatrl. Konec oktobra 1798 se je začela vstaja v samem Kairu. Več francoskih vojakov je bilo presenečenih in ubitih. Uporniki so se tri dni branili v več blokih. Vstaja je bila zadušena, nato pa je nekaj dni prihajalo do množičnih demonstracijskih usmrtitev. Vstaja v Kairu je odmevala tudi v nekaterih vaseh. Vrhovni poveljnik je, ko je izvedel za prvi takšen upor, svojemu adutantu Croisierju naročil, naj vodi kazensko odpravo. Vas je bila obdana, vsi moški so bili pobiti, ženske in otroci so pripeljali v Kairo, hiše pa požgane. Na poti je umrlo veliko žensk in otrok, ki so jih peljali peš. Ko se je odprava pojavila na glavnem trgu v Kairu, so glave mrtvih izlili iz vreč, ki so jih nosili osli. Skupno je bilo med zatiranjem oktobrske vstaje ubitih več tisoč ljudi. Teror je bil eden od načinov ohranjanja ljudi podrejenih.
Aboukirjeva katastrofa
Kot je navedeno zgoraj, je bil Bonaparte prisiljen računati z zelo nevarno okoliščino zanj - možnostjo napada britanske flote in izgubo komunikacije s Francijo. Francoske mornarje je pustila malomarnost. Poveljstvo kljub grožnji pojava sovražne flote ni organiziralo izvidniške in patruljne službe, za boj so bile izdelane le desne puške, obrnjene proti morju. Tretjina posadk je bila na obali, drugi so bili zaposleni s popravilom. Zato so imeli Francozi kljub skoraj enakim silam celo rahlo prednost v številu pušk, bitka se je končala z odločilno zmago britanske flote.
Thomas Looney, bitka pri Nilu 1. avgusta 1798 ob 22. uri.
1. avgusta 1798 ob 18. uri se je pred francoskimi ladjami, nameščenimi v zalivu Aboukir v delti Nila, nenadoma pojavila dolgo pričakovana, a ne v tistem trenutku britanska eskadrila. Britanski admiral je izkoristil priložnost, da prevzame pobudo. Francoze je napadel iz dveh smeri - z morja in z obale. Britanci so lahko obkrožili pomemben del francoske flote in jih podvrgli obstreljevanju z obeh strani. Do 11. ure zjutraj 2. avgusta je bila francoska flota popolnoma poražena: uničeno je bilo ali ujetih 11 ladij linije. Francoska vodilna ladja "Orient" je eksplodirala in potonila na dno skupaj z zakladnico - 600 tisoč funtov v zlatih palicah in dragih kamnih, ki so jih zasegli iz Rima in Benetk za financiranje egiptovske odprave. Francozi so izgubili 5, 3 tisoč ljudi ubitih, ranjenih in ujetih. Skupaj s svojo floto je umrl tudi admiral François-Paul Bruyes. Na morje se je lahko odpravil le poveljnik francoske argande, admiral P. Villeneuve, z dvema ladjama linije in dvema fregatama. Britanci so izgubili 218 mrtvih in 677 ranjenih.
Bojni zemljevid.
Ta poraz je imel za egiptovsko odpravo zelo hude posledice. Napoleonove čete so bile odrezane od Francije, oskrba je bila motena. Britanska flota je popolnoma prevladovala v Sredozemlju. Ta poraz je imel za Francijo negativne politične, vojaško-strateške posledice. Istanbul, ki je do takrat okleval, ni več podpiral fikcije, ki jo je širil Bonaparte, da sploh ni v vojni z Otomanskim cesarstvom, ampak je kaznoval samo Mameluke za žalitve francoskim trgovcem in zatiranje arabskega prebivalstva v Egiptu. Osmansko cesarstvo je 1. septembra napovedalo vojno Franciji in koncentracija turške vojske se je začela v Siriji. Oblikovana je bila II protifrancoska koalicija, ki je vključevala Anglijo, Rusijo, Turčijo, Avstrijo, Neapeljsko kraljestvo. Razmere v Evropi se začenjajo oblikovati proti Franciji. Črnomorska eskadrila pod poveljstvom FF Ushakova se bo pridružila turški floti in osvobodila Jonske otoke od Francozov. Suvorov bo skupaj z Avstrijci kmalu začel osvobajati Italijo. Turška vojska bo Napoleonu grozila iz Sirije.
Poraz pri Abukirju je po mnenju sodobnikov povzročil obup v vojski. Pravzaprav je bilo neko nezadovoljstvo opaženo že prej, ko so pomanjkanje vode, "radosti" puščave in griža vodili v upad borbenega duha. Egipt ni bil pravljična dežela, polna bogastva in čudežev. Kontrast je bil še posebej močan v primerjavi z cvetočo Italijo. Pusta dežela, požgana od sonca, peska, revščine in bednosti lokalnega prebivalstva, ki sovraži nevernike, pomanjkanje vidnega bogastva, stalno vročino in žejo. Abukirska katastrofa je le še povečala razdraženost vojske. Zakaj za vraga so jih odpeljali v Egipt? Takšni občutki niso prevladovali le med vojaki, ampak tudi med poveljniki.
Pohod v Sirijo
Otomani so po sklenitvi zavezništva z Anglijo pripravili vojsko za napad na Egipt čez Sueško prevlako. V začetku leta 1799 je Acre -paša Jezar zasedel Tazo in Jaffo ter napredoval v avanturo do utrdbe El Arish, ključa Egipta s sirske strani. Hkrati z napadom vojske iz Sirije naj bi Murad beg napadel Francoze v Zgornjem Egiptu, zračni del pa naj bi pristal pri izlivu Nila.
Napoleon izve za smrt francoske flote šele 13. avgusta. Moški močnega značaja, Napoleon, ko je prejel to grozno sporočilo, ni obupal. Doživel je, kot se mu je zgodilo v kritični situaciji, velik porast energije. Piše admiralu Gantomu, Kleberju in imeniku. Opisuje nujne ukrepe za obnovo flote. Svojim veličastnim načrtom ne obupa. Sanja tudi o pohodu po Indiji. Potovanje v Sirijo bi moralo na srečo postati le prva stopnja grandiozne operacije. Spomladi leta 1800 je Napoleon hotel že v Indijo. Toda sile francoske vojske so se topile - konec leta 1798 je v Egiptu ostalo 29,7 tisoč ljudi, od tega 1,5 tisoč nesposobnih za boj. Za kampanjo v Siriji je Napoleon lahko dodelil le 13 tisoč korpusov: 4 pehotne divizije (Kleber, Rainier, Bona, Lannes) in 1 konjeniško divizijo (Murat). Preostali vojaki so ostali v Egiptu. Dezeja so pustili v Zgornjem Egiptu, v Kairu - Duga, v Rosette - Menou, v Aleksandriji - Marmont. Oddelek treh fregat pod poveljstvom Perreta naj bi Jaffi iz Aleksandrije in Damiette dostavil oblegalni park (16 pušk in 8 minomet). Korpus je spremljal čopor s 3 tisoč kamelami s 15. zalogo hrane in 3. zalogo vode.
Sirska kampanja je bila strašno težka, zlasti zaradi pomanjkanja vode. 9. februarja so deli Kleberja in Rainierja prispeli v El-Arish in ga oblegali. 19. februarja, ko so se preostale čete približale, je utrdba po manjšem spopadu kapitulirala. 26. februarja so Francozi po težkem prehodu skozi puščavo prišli v Gazo. Sprva je bil potek operacije uspešen. 3. marca so francoske čete prišle do Jaffe. 7. marca, potem ko so prebili zid, sta Lannova in Bonova oddelka zavzela mesto. V trdnjavi je bilo ujetih več deset pušk. Palestina je bila osvojena. Bolj ko so Francozi šli proti vzhodu, težje je postajalo. Odpor turških enot se je okrepil, za njimi so se zarili Britanci. Prebivalstvo Sirije, na podporo katere je upal Napoleon, je bilo sovražno do nevernikov kot v Egiptu.
Med napadom na Jaffo je bilo mesto hudo poraženo, francoski vojaki so bili do poraženih izredno kruti in iztrebili vse zapored. Napoleon je pred napadom meščanom povedal, da če pride do napada, ne bo milosti. Obljuba je bila izpolnjena. V Jaffi je bil storjen zločin nad vojnimi ujetniki. Približno 4 tisoč turških vojakov se je predalo pod pogojem, da so preživeli. Francoski častniki so jim obljubili ujetništvo, Turki pa so zapustili utrdbo, ki so jo zasedli, in položili orožje. Bonaparte je bil zelo razdražen nad vso to zadevo. »Kaj naj zdaj storim z njimi? - je zavpil general. Ni imel zalog za prehrano zapornikov, ni moških, ki bi jih varovali, niti ladij, ki bi jih prevažale v Egipt. Četrti dan po zavzetju mesta je ukazal streljanje vseh. Vseh 4 tisoč ujetnikov so odpeljali na morsko obalo in tukaj so vsi pobili. "Nikomur ne bi želel doživeti tega, kar smo doživeli mi, ki je videl to usmrtitev," je dejal eden od očividcev tega dogodka.
V Jaffi se je v vojski pojavila kuga. Umrlo prebivalstvo mesta se je "maščevalo" Francozom - nepokopani trupla so bila raztresena po vsej Jaffi. Ta bolezen je spodkopala moralo vojakov. Napoleon je bil mračen, hodil je pred četami mračen in tih. Vojna se ni razvila tako, kot je sanjal, poleg tega je izvedel za nezvestobo svoje ljubljene Josephine. Ta novica ga je navdušila. Napoleon je bil besen in je do nedavnega preganjal najdragocenejše ime.
Toda Napoleon je še vedno upal, da bo zadevo obrnil. 14. marca se je vojska premaknila naprej in se 18. približala obzidju stare trdnjave Saint-Jean d'Acr (Acre). Trdnjavo je branilo 5 tisoč ljudi. garnizon (sprva, nato pa povečan) pod poveljstvom Ahmeda Al-Jazzarja. Napoleon je verjel, da mu bo zavzemanje te trdnjave odprlo neposredno pot v Damask in Alep, do Evfrata. Videl je, da sledi poti velikega Aleksandra Velikega. Mimo Damaska ga je čakal Bagdad in neposredna pot v Indijo. Toda stara trdnjava, ki je nekoč pripadala križarjem, ni podlegla Napoleonovim četam. Ne obleganje ne napadi niso prinesli pričakovanih rezultatov.
Za reševanje trdnjave je turško poveljstvo poslalo 25 tisoč vojakov pod poveljstvom damask paše Abdulaha. Sprva je Napoleon poslal Kleberjevo divizijo proti njej. Toda ko je izvedel za precejšnjo premoč sovražnih sil, je Bonaparte osebno vodil čete, del korpusa pa zapustil, da bi oblegal Acre. 16. aprila je na gori Tabor (Tavor) Napoleon premagal turške čete, Turki so izgubili 5 tisoč ljudi, vse zaloge in zbežali v Damask.
Obleganje Acre je trajalo dva meseca in se neuspešno končalo. Napoleon ni imel dovolj obleganega topništva, za množični napad pa je bilo malo ljudi. Ni bilo dovolj školjk, streliva in njihova dostava po morju in kopnem je bila nemogoča. Turška posadka je bila močna. Britanci so pomagali Osmanlijam: obrambo je organiziral Sydney Smith, Britanci so iz morja pripeljali okrepitve, strelivo, orožje, preskrbo. Francoska vojska je ob stenah Acre izgubila 500 (2, 3 tisoč) ubitih in 2, 5 tisoč ranjenih, bolnih. Generali Cafarelli (vodil obleganje), Bon, Rambeau so umrli, Sulkovsky je umrl prej, Lannes in Duroc sta bila ranjena. Acre je brušil majhno francosko vojsko. Napoleon ni mogel dopolniti vrst svoje vojske, Turki pa so nenehno prejemali okrepitve. Poveljnik je bil vse bolj prepričan, da njegove čedalje manj moči ne bo dovolj, da bi zavzel to trdnjavo, ki je kot nepremagljiva trdnjava stala na poti njegovih sanj.
21. maja zgodaj zjutraj so se francoske čete umaknile s svojih položajev. Vojaki so hitro korakali in skrajšali čas počitka, da ne bi prehiteli sovražnika, po isti cesti, s katere so prišli, po treh mesecih trpljenja in žrtvovanj, ki so bili zaman. Umik je spremljalo opustošenje regije, da bi Osmanlije otežili izvajanje ofenzivne operacije. Umik je bil še težji od napada. Bil je že konec maja in bližalo se je poletje, ko temperatura v teh delih doseže najvišjo raven. Poleg tega je kuga še naprej preganjala francosko vojsko. Morali so zapustiti kugo, a ranjenih in bolnih niso odpeljali s seboj. Napoleon je vsem ukazal, naj se razjahajo, konje, vse vagone in kočije pa pustijo onesposobljene. Hodil je sam, kot vsi drugi. To je bil grozen prehod, vojska se je topila pred našimi očmi. Ljudje so bili ubiti zaradi kuge, preobremenjenosti, vročine in pomanjkanja vode. Do tretjine njegove sestave se ni vrnilo. 14. junija so ostanki korpusa prišli v Kairo.
Odhod Napoleona
Bonaparte komaj imel časa za počitek v Kairu, ko je prišla novica, da je v bližini Abukirja pristala turška vojska. 11. julija je anglo-turška flota prispela na napad Abukir; 14. je bilo izkrcanih 18 tisoč ladij. pristanek. Mustafa paša je moral zbrati Mameluke in vse nezadovoljne s francosko oblastjo v Egiptu. Francoski poveljnik se je takoj odpravil na pohod in se odpravil proti severu do delte Nila.
Do 25. julija je Napoleon zbral približno 8 tisoč vojakov in napadel turške položaje. V tej bitki so Francozi sprali sramoto francoske flote zaradi njihovega nedavnega poraza. Turška desantna vojska je preprosto prenehala obstajati: 13 tisoč mrtvih (večina se jih je utopilo pri poskusu pobega), približno 5 tisoč zapornikov. "Ta bitka je ena najlepših, kar sem jih kdaj videl: niti ena oseba ni bila rešena iz celotne sovražne vojske, ki je pristala," je veselo zapisal francoski poveljnik. Izgube francoskih čet so bile 200 ubitih in 550 ranjenih.
Murat v bitki pri Abukirju.
Po tem se je Napoleon odločil, da se vrne v Evropo. Francija je bila v tem času poražena v Italiji, kjer so vse sadove Napoleonovih zmag uničile rusko-avstrijske čete pod poveljstvom Suvorova. Franciji in Parizu je grozila sovražna invazija. V Republiki je vladala zmeda in popolna nered v poslu. Napoleon je dobil zgodovinsko priložnost, da "reši" Francijo. In to je izkoristil. Poleg tega so njegove sanje o osvajanju Vzhoda propadle. 22. avgusta je poveljnik, ki je izkoristil odsotnost britanske flote, odplul iz Aleksandrije v spremstvu svojih soborcev, generalov Berthierja, Lannesa, Andreosija, Murata, Marmonta, Duroca in Bessièresa. 9. oktobra so varno pristali na Frejusu.
Poveljstvo francoskih čet v Egiptu je bilo zaupano Kleberju. Napoleon mu je dal navodila, v katerih mu je dovolil kapitulirati, če so "zaradi neštetih nepredvidenih okoliščin vsi napori neučinkoviti …". Francoska egipčanska vojska ni mogla vzdržati združenih anglo-turških sil. Čete, odrezane od Francije, so se nekaj časa upirale, vendar so bile do konca poletja 1801 prisiljene počistiti Egipt, če so se vrnile v Francijo. Glavni razlog za poraz egiptovske odprave je bilo pomanjkanje stalne komunikacije s Francijo in prevlado Britancev na morju.