14. avgusta 1775 je bila z dekretom ruske cesarice Katarine II Zaporoška Seč dokončno ukinjena. Po ponovni združitvi velikega dela Male Rusije z rusko državo leta 1654 so bili privilegiji razširjeni na vojsko Zaporožje, ki so jo uživale druge ruske kozaške čete. Zaporoški kozaki so igrali pomembno vlogo. Kozaki so branili južne meje Rusije, igrali pomembno vlogo v vojnah s Krimskim kanatom in Osmanskim cesarstvom. Zato so Kozaki ohranili določeno avtonomijo od centralne oblasti. Kozaki pa so ubežnike, ki so se skrivali v Zaporoški seči, skrivali pred preganjanjem carističnih oblasti. Poleg tega je obstajala nevarnost upora proti središču, zavezništva z zunanjimi sovražniki Rusije.
Tako sta leta 1709 kosmajski ataman Kost Gordienko in hetman Mazepa podpisala zavezniški sporazum s švedskim kraljem Karlom XII. Zaporizhzhya Sich se je pridružila zavezništvu Mazepe in Karla proti Rusiji. Med kozaki in ruskimi četami je bilo več spopadov. Peter daje ukaz knezu Menšikovu, naj tri polke iz Kijeva premakne na Sičo pod poveljstvom polkovnika Yakovleva, da bi "uničil celo gnezdo izgrednikov". Seč je bila uničena, pozneje pa Peter ni dovolil njene obnove. Kozaki so ustanovili na deželah, ki so jih obvladovali Turki in krimski Tatari, Kamenskaya (1709-1711) in Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Vendar niso trajali dolgo.
Leta 1733, ko je po izbruhu vojne med Ruskim cesarstvom in Turčijo krimski kan ukazal Kozakom iz Aljoškovske Seči, naj gredo na rusko mejo, je general Veisbakh (takrat se je ukvarjal z gradnjo ukrajinskega vrstica trdnjav) je Kozakom izročil spričevalo v traktu Krasny Kut, 4 milje od stare Chertomlytskeya Sich. Kozaki so prejeli pismo cesarice Ane Ioannovne o pomilostitvi in sprejetju v rusko državljanstvo. Posledično je nastala Nova (Podpolnenskaya ali Pidpilnyanskaya) Siča, ki je obstajala do dokončnega uničenja Zaporoške Seče leta 1775.
Nova Sich se je zelo razlikovala od stare. Postala je ne le vojaški, ampak gospodarski, politični organizem. Kozaki so prejeli polno samoupravo in zemljišča za naselitev. Pojavile so se nove strukture - "palanke". To so bile nekakšne "provincije" Seča v Samari, Miusu, Bugu, Inguletcu itd. Vsaki palanki so vladali polkovnik, esaul in uradnik, ki so bili podrejeni Košu. Zemlja je postala glavni vir dohodka za Kozake, ne plača. V bližini Sič so se naselili "zimski čaki" - poročeni Kozaki, ki niso imeli niti volilne pravice v parlamentu, niti pravice biti izvoljeni na funkcijo in so bili dolžni plačati "dim" v zakladnico Seča, to je nekakšen družinski davek. Poleg poročenih Kozakov so se tako začeli imenovati tudi tujci (predvsem kmetje, revni ljudje, ki so iskali boljše življenje), ki so prihajali iz velikoruskih pokrajin, desne obale Ukrajine in turških posesti. Niso veljali za Kozake, ampak so bili podložniki Siče, oskrbovali so hrano in plačevali 1 rubelj na leto. Prebivalci Siče so živeli od ribolova, lova, govedoreje, kmetijstva in trgovine. Delavka je prejemala dohodek od uvoza blaga, lastništva zemlje, pašnikov, ribolova.
Kozaki so spoštovali le svoje zakone, za manjše zadeve so jim sodili v palankah, za pomembne zadeve - pri koshevoyu. Storilca so lahko izročili cesarskim oblastem, najpogosteje pa so bili sami kaznovani do smrtne kazni. Sich je hitro postal ena od cvetočih ruskih regij. Palanke so bile pokrite z vasi in kmetijami.
Vendar pa so se na Sichu pojavila tudi resna nasprotja med delovodjo in golotom. Tako je carska vlada skoraj takoj kršila obveznost letne izplačila Sichu 20 tisoč rubljev plače. Že leta 1738 so začeli dajati le 4-7 tisoč. Preostanek denarja so odredili za plačilo iz vojaških sredstev, vendar so bili prazni. Posledično so oblasti začele goljufati - "javno" so izdale 4 tisoč rubljev, preostanek denarja so na skrivaj prenesli na delovodje, vodje kurenov. Vendar so Kozaki za to hitro izvedeli: leta 1739 so koshevoj Tukal in starešine podrli, premagali in oropali njihovo premoženje (koshevoj je bil tako močno pretepen, da je kmalu umrl). V prihodnosti so delovodje še naprej bogatili. Zlasti koshevoy Kalnyshevsky je nekoč iz svojih čred prodal 14 tisoč konj. Navadni kozaki so bili v revščini, vse ugodnosti so bile v prid delovodji.
Navadni kozaki so delali za delovodjo, lovili ribe in razvijalo se je tudi "gaidamastvo", se pravi rop. V spodnjem toku Buga so se zbližale ruska, turška in poljska meja, kar se je po ropanju pomagalo skriti. V 1750 -ih in 1760 -ih letih je Gaidamache v tej regiji postal prava katastrofa. Ljudje so se preprosto bali potovati po regiji Bug. Pritožbe glede kozakov so prihajale iz Turčije in Poljske. Navodila cesarskih oblasti so se preprosto "spuščala na zavore". Trgovina je bila zelo donosna, v njej pa so sodelovali številni delavci in uprava palanke. Ko je leta 1760 pod pritiskom ruskih oblasti Koshevoy Beletsky organiziral racijo za ujetje roparjev, jih je lahko aretiralo le 40 ljudi. In tudi takrat so jim kurenski atamani prepovedali izročanje, jih razstavili v kurene in jih po kesanju izpustili. Ko je rusko vojaško poveljstvo vzpostavilo patruljiranje na meji z rednimi konjeniki in primestnimi kozaki, so se začeli oboroženi spopadi.
Pojavil se je še en razlog za konflikt med Sečo in osrednjo vlado. V tem obdobju je prišlo do aktivnega razvoja prej praznih območij Divjega polja in kozaki so začeli braniti svoje "zakonite" dežele. Svoje trditve so utemeljili na ponaredku - "kopiji pisma Stefana Batorija", ki naj bi jim dal zemljišče v bližini mesta Chigirin, ob Samari in Južnem Bugu, levem bregu Dnjepra do Severskega Doncev. In ker so ruski suvereni, začenši z Aleksejem Mihajlovičem, potrdili "nekdanje svobode Zaporožja", se je sama beseda "svoboščine" začela razlagati v teritorialnem smislu. Zaporoški kozaki, ki so branili svoje "zakonite" dežele, se niso ustavili pri uporabi sile. Požgali so več novih naselij, razgnali vaščane. Posledično so Kozaki preprosto postali drzni in izzvali osrednjo oblast. Toda pod Elizabeto in hetmanom Razumovskim jim je to ušlo.
Pod Katarino II so se razmere spremenile. Resno se je lotila zadev ohlapne Ukrajine. Leta 1763 je Hetman Razumovski, ki je namignil na dedni status svojega mesta, odstopil "po svoji volji". Mali ruski kolegij je bil obnovljen. Za predsednika je bil imenovan general P. A. Rumyantsev. Našel je sliko popolnega propada v Ukrajini. Vojaška elita, ki je vladala v imenu Razumovskega, je popolnoma ušla izpod nadzora. Delavci so se spremenili v vsemogočne plemiče, prave lokalne "kneže". Prišli so do točke, da so se med seboj borili, izpodbijali deželo, oborožili kozake in kmete. Prebivalstvo je bilo podvrženo neusmiljenemu izkoriščanju. Navadni kozaki so bankrotirali, postali so delavci na kmetiji ali pa so se ukvarjali z osebnim kmetovanjem. Odlok iz leta 1721 o spodbujanju destilacije kozakov je negativno vplival na čete. Mnogi ljudje so se spili do smrti, drugi so svoje pijače popili s pijačo. Posledično se je maloruska vojska razpadla. Rumyantsev niti pošte ni mogel organizirati: bogati niso hoteli služiti, revni niso imeli priložnosti.
Treba je bilo sprejeti ukrepe za obnovitev bojne sposobnosti lokalnih enot. Leta 1764 so začeli preoblikovati kozaške enote v redne. Iz ukrajinskih polkov je nastalo 5 husarjev: črni, rumeni, modri, srbski in ugorski. Poleg tega so bili ustvarjeni štirje pikinerski polki (Elisavetgradsky, Dneprovsky, Donetsk in Lugansky). Kasneje je bilo ustvarjenih še nekaj husarskih polkov in Landmilicija je bila reorganizirana v pehotne enote. Na splošno je morala Ukrajina izgubiti poseben status in se izenačiti z drugimi ruskimi provincami. Sedenje v teh načrtih je bila resna ovira.
Pozornost je pritegnila tudi "država v državi" - Zaporoška seč. Leta 1764 je bil Kosh podrejen Maloruskemu kolegiju. Zaporoška oblast je bila zaslužna za to, da volitev ni več potekala. Kozaki so bili ogorčeni in so v nasprotju z navodili izvedli nove volitve, na katerih je bil Kalniševski izbran za koshevskega. Novi koshevoy je odšel v Sankt Peterburg brez dovoljenja, da bi zahteval neposredno podrejenost Tujega kolegija in odprl vprašanje "zakonitih" zaporoških dežel. Rumyantsev je predlagal, da bi cesarica aretirala delegate. Pripravljen je bil osnutek reforme Seča. Vendar Catherine ni sprejela ostrih ukrepov, bližala se je nova vojna s Turčijo, niso želeli zapletati razmer na jugu. Cesarica je delegacijo prijazno sprejela. To je navdihnilo Kozake, ob vrnitvi na Seč so se začeli hvaliti, da so "prestrašili" vlado.
Leta 1767 so prejeli odpoved, da se Koshevoy Kalnyshevsky in uradnik Ivan Globa dogovorita, da bosta začela pogajanja s turškim sultanom, če vlada ne bo izpolnila njihovih zahtev. Catherine je odpoved pustila brez posledic, vendar je bila usoda Siče že vnaprej sklenjena. Rešitev problema je bila le preložena do konca vojne z Osmanskim cesarstvom.
Vodstvo Seča je samo še poslabšalo negotov položaj. Ni samo izzval ruske oblasti, ampak je stopil tudi v stik s Krimom in Turčijo. Na predvečer vojne so kozaki prejeli pisma iz Bakhchisaraija in Istanbula, v katerih so bili v skušnjavi z možnostjo selitve v službo Turčije in obljubili trojno plačo. Francoski odposlanec Totleben je v imenu sultana obiskal Sičo. Kalniševski je Turkom zavrnil, vendar dopisovanja ni prekinil. Poleg tega je Totlebenu dovolil govoriti s kozaki in ga ni izdal Rumyantsevu. Med kozaško množico se je začela zmeda. Ko so decembra 1768 kozaki dobili navodilo, naj začnejo vojno s Turčijo, so se uprli. Kalnyshevsky ni moral samo zatreti upora, ampak je prosil za pomoč ruskega garnizona iz Novosechenskega. Nemiri so se nadaljevali več mesecev, Kozaki so zapustili meje, Tatari pa so se januarja 1769 prebili v Ukrajino.
V rusko-turški vojni 1768-1774. Sodelovalo je 10 tisoč kozakov (približno 4 tisoč jih je ostalo na ozemlju Siče). V vojni so pokazali visoke bojne lastnosti, se odlikovali v izvidnicah in racijah ter igrali pomembno vlogo v bitkah pri Largi in Cahulu. Zmaga v tej vojni je bil še en razlog za ukinitev vojske Zaporožje. S sklenitvijo sporazuma Kuchuk-Kainardzhiyskiy je Rusko cesarstvo dobilo dostop do Črnega morja, nastala je obrambna črta Dnjepra, Krimski kanat je bil tik pred uničenjem. Drugi zgodovinski sovražnik Rusije, katoliška Poljska, je izgubil moč in leta 1772 je prišlo do njene prve delitve. Zaporoški kozaki so izgubili vlogo zagovornikov južnih meja.
Maja 1775 je bil korpus generala Petra Tekelija preseljen na Seč. Operacija je bila brez krvi. Starešine, ki so spoznale, da je odpor nesmiseln, so skupaj z duhovniki umirile redne kozake. Z odlokom Catherine je bila Zaporizhzhya Sich ukinjena. Navadni kozaki niso bili preganjani. Nekateri so ostali v Ukrajini in se naselili po vaseh in mestih. Nekateri poveljniki so prejeli častniški čin, delovodje so postali plemiči. Le trije kozaki - Kalniševski, vojaški sodnik Pavel Golovaty in uradnik Globa so bili obtoženi izdaje in izgnani v samostane. Kalnyshevsky je živel v Solovetskem samostanu do 112. leta in umrl leta 1803 ter prevzel meniško dostojanstvo.
Del kozakov je odšel v Donavo pod oblastjo turškega sultana in nastala je Zaunadska seč. Leta 1828 so čezdonavski kozaki prešli na stran ruske vojske in jih je car Nikolaj I. osebno pomilostil. Iz njih je nastala azovska kozaška vojska. V Rusiji je med vojno s Turčijo Aleksander Suvorov v letih 1787-1788. od kozakov nekdanje Seče in njihovih potomcev je organiziral »vojsko zvestoh Zaporožcev«. Leta 1790 se je preoblikoval v črnomorsko kozaško vojsko in nato prejel ozemlje levobrežnega Kubanja. Kozaki so aktivno sodelovali v kavkaški vojni in drugih vojnah Ruskega cesarstva.
