Druga državljanska vojna v Angliji je bila še bolj neusmiljena kot prva. Cromwell je izjavil, da je razlog za vojno "popustljivost" do nasprotnikov po zmagi. Zmaga v prvi vojni kaže, da Bog podpira puritance. Gre torej za upor proti Bogu. Četam je bilo ukazano, naj se "maščevajo".
Angleška kuga
Po odpravi grofa Stafforda in nadškofa Canterburyja je Charles izgubil najmočnejše zaupnike. Parlament je nadaljeval ofenzivo. Zahteval je reformo cerkve, odpravo škofovstva, pravico do imenovanja in odstranitve ministrov, nadzor nad vsemi dejanji monarha. Karl je te zahteve zavrnil: "Če bi se s tem strinjal, bi postal le duh, prazna kraljeva senca." Novembra 1641 je parlament sprejel zbirko člankov Great Remontstration, ki navaja zločine krone. V zvezi z vstajo na Irskem se je Anglija odločila ustanoviti vojsko. Vendar je parlament zavrnil obravnavo kralja kot vrhovnega poveljnika.
Kralj se ni mogel več umakniti. Spoznal je, da njegov položaj prej ni bil tako brezupen, kot so ga prepričali. Podpornike ima v samem parlamentu, okrožjih in ljudeh. Izvedel sem, da so ga prevarali z igranjem "vojne" s Škotsko. Karel I. se je razjezil in januarja 1642 odredil aretacijo petih glavnih zarotnikov. Vendar so "ptice odletele", kot je zapisal sam monarh. Opozicija je v odgovor izgnala vse kraljeve pristaše iz parlamenta, meščane pa spravila na upor. Kralj se je odločil zapustiti uporniški London, odšel v Oxford in napovedal zbiranje svojih privržencev. Parlament je začel oblikovati policijske enote.
Izbruhnila je počasna državljanska vojna. Tri leta se je vlekla brez večjih rezultatov. Podpornikov parlamenta je bilo več, vendar so bili slabo organizirani in disciplinirani. "Kavalirji" (plemiči rojalisti) so bili bolj disciplinirani in so imeli vojaške izkušnje. Kraljeve čete je poveljeval Karlov nečak, mladi princ Rupert, ki je imel izkušnje z vojno s Španci na strani nizozemskih upornikov in tridesetletno vojno. Kraljevska konjenica je zlahka premagala "okrogle glave" (ime je prišlo iz kratkih las), parlamentarne miličnike. Kavalirji pa so delovali brez posebnega načrta, strategije in prvih zmag niso izkoristili. Bogastvo Londona in večjih britanskih pristanišč, viri meščanstva so sprva uravnotežili zmogljivosti gospodov.
Cromwell in nova vojska
Medtem se je razšla tudi opozicija. Zmerni prezbiterijanci so vladali parlamentu. Moč pa so pridobile tudi bolj radikalne skupine. Neodvisni ("neodvisni") so nasprotovali kakršni koli cerkveni hierarhiji (moči sinod prezbiterjev) in kraljevi oblasti na splošno. Zahtevali so avtonomijo krajevnih cerkvenih skupnosti. Predlagali so zamenjavo monarhije z republiko. Izravnalci (»izenačevalci«) so šli še dlje. Rekli so, da moč sploh ni potrebna, vsaka skupnost lahko živi sama po "božjih pravilih". Bili so tudi anabaptisti, braonisti, kvekerji, ki so menili, da so samo "odrešeni", preostali svet pa se je pogreznil in umrl.
V teh verskih prepirih, ki so bili takrat vodilnega političnega pomena, je v ospredje prišel Oliver Cromwell. Izhajal je iz meščanske puritanske družine, bil izvoljen za poslanca v parlamentu in postal ideološki nasprotnik kraljevske oblasti. Med nemiri je novačil in opremil konjeniški odred več deset ljudi. Leta 1643 je bilo pod njegovim vodstvom že 2 tisoč ljudi. Imeli so vzdevek "iron-sided". Njegov polk je postal poseben, ideološki. Cromwell je pritegnil radikalne sektaše: neodvisne, izravnalce, baptiste. Cromwell je uvedel institucijo propagandističnih pridigarjev (takratnih političnih komisarjev). Sledili so disciplini in navdihnili borce. Njegovi vojaki niso pili alkohola in ne kockali. Zaradi neprimernega vedenja so bili ostro kaznovani. Disciplina je bila železna. Hkrati se je ideološki polk boril skrajno brutalno. Ironsides je razbil templje anglikanske cerkve, mučil duhovnike, ni prizanesel rojalistom in papistom (katoličanom). Združena ekipa je začela zmagovati v bitkah. Opazili so ga in ga začeli aktivno hvaliti. Cromwell je postal junak revolucije.
Neodvisni so se v boju proti prezbiterijanom odločili, da bodo stavili na Cromwella. Njegovi uspehi so bili napihnjeni, pretirani, neuspehi so bili zamolčani ali pa so bili krivi za prezbiterijanske poveljnike. Cromwella so imenovali "rešitelj". Poveljnik sam je verjel v to, začel se je imenovati "izbran" za reševanje države. Pokazal se je kot odličen politik - brez načela in ciničen. Skupaj z neodvisnimi je Cromwellu uspelo doseči demokratizacijo vojske. V skladu z zakonom o samoodpovedi so vsi poslanci odstopili s poveljstva. Vrstniki so izgubili tradicionalno pravico poveljevanja vojski. Thomas Fairfax je postal vrhovni poveljnik, Cromwell je prejel drugo mesto v vojski, mesto načelnika vse konjenice. Fairfax in Cromwell sta začela ustvarjati "novo vzorčno vojsko" po zgledu železnih strani. Vojsko je sestavljalo več kot 20 tisoč vojakov, skupaj 23 polkov (12 pehotnih, 10 konjeniških in 1 dragunski). Čete so bile vcepljene v strogo disciplino in ideologijo (verski radikalizem).
Poraz kralja
V vojni je prišlo do prelomnice. Številnejše in zdaj že dobro organizirane okrogle glave so začele premagati gospodo. V odločilni bitki pri Nasebyju 14. junija 1645 je 13 tisoč vojakov parlamenta pod poveljstvom Fairfaxa in Cromwella premagalo 7 tisoč rojalistov Karla in Ruperta. Kraljeva vojska je prenehala obstajati: 2 tisoč je bilo ubitih, 5 tisoč je bilo ujetih. Kralj je lahko zbežal k Škotom, vendar so mu zasegli arhiv, kjer so bili dokumenti o povezavah s katoličani, Irci in Francijo. Karlov tajni dopis je parlament izrazil kot dokaz kraljeve podvojenosti in izdaje.
Škoti so kralja nekaj časa obdržali v položaju zapornika, iz njega so odtujili koncesije. Januarja 1647 je bil Charles prodan britanskemu parlamentu za 400.000 funtov. Aretirali so ga in ni vedel, kaj naj naredi s kraljem. Prezbiterijani so verjeli, da je treba Karla vrniti na prestol, vendar je treba njegovo moč omejiti. S kraljem so potekala pogajanja. Pri njih je sodeloval tudi Cromwell. Poslanci so se bali, da bo kralj prekršil obljube, se zapletel v spore in prišel z novimi garancijami. Medtem so radikalni občutki rasli in se krepili. Neodvisni so zavrnili vrnitev krone Charlesu in prezbiterijance imenovali "novi tirani". Ponudili so ustanovitev republike. "Izenačevalci" so na splošno zagovarjali univerzalno svobodo in demokracijo. Drugi sektaši so državo vlekli v popolno anarhijo.
Hkrati se je pojavila grožnja diktature. Vojska je postala nova politična sila. Cromwell je ustanovil "General Army Council", ki je postal novo politično središče, konkurent parlamentu. Cromwell je Fairfaxa potisnil v ozadje in postal de facto vrhovni poveljnik. Parlament se je skušal zoperstaviti novi grožnji. Aretiranih je bilo več voditeljev neodvisnih in izravnalnih. Odločili so se poslati vojsko dlje - umiriti Irsko in razpustiti preostale polke. Pravijo, da je vojne konec, denarja ni. A bilo je že prepozno. Cromwell je prek svojih komisarjev pridigarjev preprečil demobilizacijo. Polkov niso razpustili, se niso hoteli razorožiti in niso odšli na Irsko. Svet vse vojske je začel boj za oblast in objavljal politične dokumente. Obljubil je, da bo ščitil "svobodo".
Druga državljanska vojna
Medtem so bile razmere v državi žalostne. Težave so zahtevale več deset tisoč življenj. Okraji in mesta so bili opustošeni, podjetja so se ustavila, kmetijstvo je utrpelo velike izgube. Cene so se hitro dvignile, ljudje so stradali. Zmagovalci so se mudili, da bi se nagradili. Zasežena so bila kraljeva posestva, rojalisti in cerkev. V plenilstvu prezbiterijanci in neodvisni niso bili slabši drug od drugega. Ljudje so se spet uprli. V Londonu so državljani poslancem vpili, da je pod kraljem življenje boljše. Karl je spet imel privržence.
Karl se je odločil, da ima priložnost obrniti vse v svojo korist. Novembra 1647 je s pomočjo naklonjenih častnikov pobegnil na otok Wight. Kralja je podpirala flota. Na Škotskem so se prezbiterijani odločili podpreti kraljevsko oblast, da država ne bi zdrsnila v popoln kaos. Decembra 1647 je kralj sklenil sporazum s škotskimi predstavniki: obljubil je priznanje prezbiterijanske cerkve v zameno za vojaško pomoč. Karl se je začel pogajati tudi z Irci. Rojalistični upori so preplavili Anglijo.
V "vojski novega modela" so se začeli nemiri. Razpadli so jo izravnalniki. Upor so dvignili štirje polki in zahtevali izenačitev vseh državljanov v pravicah, prerazporeditvi zemljišč. Cromwell je lahko uničil upor zaradi svoje ogromne avtoritete. Osebno je prispel v enote in pritegnil vojaške pridigarje. Boju se je izognil. Police so bile "očiščene", vodje kolonije usmrčeni, izravnalni aktivisti so bili odpuščeni ali aretirani. Disciplina v vojski je bila obnovljena. Vojsko so vrgli proti rojalistom in Škotom. Druga državljanska vojna je bila še bolj neusmiljena kot prva. Cromwell je izjavil, da je razlog za vojno "popustljivost" do nasprotnikov po zmagi. Krivda kralja in njegovih privržencev je zdaj veliko večja. Zmaga v prvi vojni kaže, da Bog podpira puritance. Gre torej za upor proti Bogu. Vojakom je bilo ukazano, naj se "maščevajo". To je privedlo do brutalnih pogromov mest in mest, požganih kmetij in množičnih usmrtitev.
Uporniki se niso mogli upreti dobro organizirani in kohezivni vojski. Večina vstaj je bila spontana. Ponekod so upor dvignili rojalisti, drugod prezbiterijani, ki so poskušali zaščititi parlament pred Cromwellom, na tretjem - samo sestradani kmetje in meščani. Razpršene in spontane vstaje so se hitro utopile v krvi. Potem se je Cromwell preselil k Škotom. Avgusta 1648 je v bitki pri Prestonu 8 tisoč. Cromwellova vojska je zdrobila 20 tisoč ljudi. združena vojska Škotov in rojalistov. Škotska je prosila za mir.
Diktatura
Po tem je Cromwell podrl parlament. Vojska je odredila "čiščenje" prezbiterijancev iz parlamenta. Državni zbor je bil prestrašen. Odločil sem se, da pokličem kralja in se z njim pomirim. Karl se je strinjal s spravo, prišel je v London. Toda moč je bila že na strani Cromwella. Z lahkoto je odvrgel vsak videz legitimnosti. Decembra so njegovi polki vstopili v London, aretirali Karla. Kapetan Pride je vdrl v hišo skupščine, aretiral ali izključil 150 poslancev. Drugi poslanci so pobegnili sami. V parlamentu je še 50-60 ljudi, pripravljenih glasovati tako, kot potrebuje Cromwell. Ta ostanek je dobil vzdevek "rump".
Cromwell je veliko "čistko" izvedel tudi v Londonu. Uporniki, naklonjeni kralju in prezbiterijanom, so bili izgnani iz mesta. Mnogi so ostali brez strehe nad glavo, premoženje, sredstva za preživetje, umrli. Ostanki parlamenta so se po navodilih Cromwella januarja 1649 odločili, da bodo sodili s kraljem. Rešitev brez primere v tistem času. Lordski dom te odločitve ni sprejel. Lordski dom je bil razpuščen. Kraljevega primera ni sprejelo nobeno sodišče. Ustanovljeno je bilo vrhovno sodišče vojaških "svetnikov". Sodišče je Charlesa spoznalo za krivega kot tirana, izdajalca in sovražnika domovine in ga obsodilo na smrt. 30. januarja 1649 je bil Charles obglavljen v Whitehallu. Februarja je bila ukinjena monarhija, ustanovljena republika in ustanovljen državni svet. Formalno je najvišja oblast v državi pripadala parlamentu, vendar je bila "krpa" popolnoma podrejena novemu diktatorju. Posledično je Cromwell vzpostavil osebno diktaturo - protektorat.
