Podmorska vojna v Baltskem morju se je začela od prvih dni Hitlerjeve invazije na ZSSR. Še pred začetkom vojne je več nemških podmornic zasedlo svoje začetne položaje na pristopih do sovjetskih pomorskih baz in na vhodu v Finski zaliv. Njihove naloge so bile blokiranje dejanj sovjetskih površinskih in podmorniških sil na določenih območjih s postavljanjem minskih polj na pristopih do baz in v soteskah ter s torpednimi napadi na sovjetske ladje in plovila. Mine, ki so jih dobavljale nemške podmornice, so bile v glavnem opremljene z magnetnimi varovalkami, kar se je za sovjetsko stran izkazalo za zelo nepričakovan problem, saj baltiška flota ni imela zadostnega števila magnetnih vlečnih mrež. Napadi torpedov Nemcem niso prinesli posebnega uspeha, vendar sta se dva končala tragično za sovjetske ladje.
Na začetku vojne je imela Baltiška flota Rdeče zastave v svoji sestavi 65 podmornic, a le 47 jih je bilo pripravljenih za boj. Ostali so bili v popravilu ali v rezervi. Podmornice so bile razdeljene v tri brigade, od katerih sta bila 1. in 2. del podmorniškega odreda, tretja pa je ostala učna. Prva brigada je pod poveljstvom kapetana prvega reda Nikolaja Egypka prvotno stanovala v baltskih pristaniščih - v Liepaji, Ventspils in Ust -Dvinsku, nato pa na območju otokov Moonsund z glavno bazo v Triigiju (Triga) Zaliv na severu Saaremae. Ladje 1. brigade so morale delovati na območju južno od vzporednika 56 ° 55 ', ki je potekalo vzdolž južne konice otoka Gotland - Sundre Hoburgen. Severno od te črte je bilo območje delovanja 2. brigade (kapetan drugega ranga Alexander Oryol) s sedežem v Talinu in Paldiskem.
Ladje obeh brigad so imele nalogo napadati bojne ladje in konvoje sovražnih ladij na svojih območjih delovanja ter prenašati poročila o vseh premikih sovražnikove flote. Boj proti prikolicam je bil seveda mogoč na nemških komunikacijskih poteh, ki so potekale predvsem ob vzhodni obali Švedske, na območju Alandskih otokov in v vodah južnega Baltika med Memelom in Kielom. Kasneje, že med vojno, so Nemci organizirali nove komunikacijske poti vzdolž vzhodne obale Baltskega morja, od Liepaje do Rige, sčasoma pa so se razširili do Talina in Helsinkov. Naloge uničevanja sovražnih ladij, predvsem bojnih ladij in križarjev, bi se lahko izvajale na njihovih območjih izhodišč ali ob sovjetski obali, na primer med obstreljevanjem pristanišč ali kopenskih sil. Zato je sovjetsko poveljstvo del podmorniških sil razporedilo po nemških komunikacijah, del pa v pristanišča baltskih držav, predvsem v Liepaji in Ventspilsu.
Na splošno je bila napotitev podmorniških sil uspešna. V prvih dveh dneh vojne so sovjetske podmornice zasedle bojne položaje ob sovjetski obali, do 25. junija pa ob obali Švedske, na območju otoka Bornholm in v vodah zaliva Danzig. Poleg tega sta po vstopu Finske v vojno dve podmornici iz Kronštata zasedli položaje v osrednjem delu Finskega zaliva. Pri uporabi teh sil je glavna nevarnost izhajala iz min, ki so jih nemške ladje in letala postavila na predvečer invazije. Že 23. junija so ga v Irbenski ožini razstrelili mine. To je bila prva izguba podmorniške flote in resen alarmni signal o nevarnosti min, vendar med napotitvijo podmorniških sil ni predstavljal nobenih ovir.
Sovjetske podmornice kot celota so hitro zasedle svoje bojne položaje in začele opravljati bojno službo, vendar so na uspeh morale čakati dolgo. Za to obstaja več razlogov.
Prvič, prvi dnevi vojne so jasno pokazali, da izbira bojnih položajev ni bila narejena na najboljši način. Pred obalo Baltika, kjer je bil pričakovan nastop nemških bojnih ladij in križarjev, je bilo morje prazno. Na teh vodah se niso pojavile velike površinske enote, globine pa so polle nemške podmornice in mine, ki so jih postavili. Res je, da so bile v obalnem pasu razmeroma razmeroma majhne sile podmornic, ki pa so oslabile skupino, ki je delovala na komunikacijah. Za izvajanje učinkovitih operacij na jugu Baltika je ostalo premalo sil, zahodni Baltik pa je bil na splošno zunaj območja delovanja sovjetske flote. Res je, da zaradi razmeroma majhne globine te vode niso bile zelo primerne za vodenje podmorniškega bojevanja, vendar je bilo pošiljanje vsaj nekaj sil na območje med Bornholmom, otokom Rügen in južno Švedsko možno in smotrno, saj je večina nemškega morja tam so bile koncentrirane poti. …
Poleg tega so prvi dnevi vojne razkrili številne pomembne pomanjkljivosti pri organizaciji podmorniške flote in njenem delovanju. Prvič, podmornice, ki so patruljirale v svojih bojnih sektorjih, niso imele dovolj informacij o gibanju nemških prikolic. Podmornice so morale organizirati izvidništvo, pri čemer so se zanašale na naključje in pogosto manjkale bodisi primerni položaji za napad, bodisi sama možnost napada. Čeprav je bilo zračno izvidništvo organizirano na nebu nad Baltskim morjem, je bilo omejeno na obalna območja. In sovjetski skavti niso prileteli na območja, skozi katera so potekale nemške komunikacije.
Posebnega zračnega izvidništva v interesu podmorniških sil na splošno ni bilo, kar je negativno vplivalo na rezultate njihove uporabe proti sovražnikovemu ladijskemu prometu. Komunikacija z ladjami na odprtem morju je delovala popolnoma slabo. Zelo malo enot je bilo opremljenih z opremo za sprejemanje in oddajanje radijskih signalov v potopljenem položaju. Radijska sporočila, ki pogosto vsebujejo pomembne podatke o gibanju nemške flote, so se morala praviloma prenašati ponoči, na površju, med polnjenjem baterij. Toda tudi ponoči sporočila niso vedno prispela na cilj, saj so bila poslana v točno določenem času, podmornice pa takrat niso mogle vedno priti na površje.
Taktika
Nadalje so se od prvih dni vojne pojavile pomanjkljivosti v taktiki vodenja podmorniškega boja, ki niso prispevale k visokim zmogljivostim. Podmornicam so bili dodeljeni sektorji, strogo omejeni z geografskimi koordinatami, v katerih so morali čakati na pojav nemških ladij. To je bila povsem pasivna taktika, ki se ni uporabljala za vojno s komunikacijami, ki vključuje iskanje sovražnikovih prikolic in njihovo dolgotrajno sledenje, da izberejo primeren položaj za napad. Zlobna je bila tudi praksa, da se za napad uporabljajo samo posamezna torpeda - kar je posledica napačnega razumevanja gospodarnosti dragega orožja z majhno verjetnostjo, da bo zadel cilj. Poleg tega ladje ali ladje niso potonele vedno po enem samem torpedu, ponavljanje napada pa je bilo običajno težko ali nemogoče zaradi prisotnosti spremljevalnih ladij.
Večina organizacijskih in taktičnih napak in pomanjkljivosti se je pokazala že v prvih tednih vojne. Poveljniki podmornic, ki so se vračali z misij, so o njih govorili in pisali ter pogosto predlagali rešitve težav. Zahvaljujoč temu so bile številne pomanjkljivosti odpravljene že julija; ostali problemi so bili rešeni, kot so bili razumljeni, in zbrani so bili potrebni podatki in sredstva.
Julija je bil spremenjen patruljni sistem in več sil je bilo namenjenih operacijam na sovražnikovih komunikacijah. Zračno izvidništvo se je v interesu podmorniških sil postopoma izboljševalo. Organizacija komunikacije z ladjami na morju se je spremenila - zdaj ponoči so radijska sporočila večkrat prenašali v rednih časovnih presledkih. Flota je zahtevala več komunikacij. Vse te odločitve so bile potrebne in so se postopoma izvajale, vendar niso vplivale le na učinkovitost ukrepov sovjetskih podmornic. Obstajali so tudi dejavniki, neodvisni od volje sovjetskega poveljstva.
V prvih tednih vojne sovjetske podmornice niso imele velikih možnosti, da bi potopile večje število ladij ali ladij, ker je nemško poveljstvo prej omejevalo plovbo po najpomembnejših baltskih poteh, kar je nedvomno narekovalo strah pred sovjetskimi silami podmornic. Po eni strani zaradi tega nemška flota ni utrpela pomembnih izgub, po drugi strani pa je izgubila nemško gospodarstvo. Gospodarske izgube, ki nastanejo zaradi zmanjšanja tovornega prometa, je težko izračunati, vendar se zdi, da bi morale biti znatne, kolikor je pred vojno Švedska dovajala Nemčiji po morju do 2 milijona ton železove rude na mesec. Paradoksalno je, da je samo s svojim obstojem sovjetska podmorniška flota dosegla pomemben uspeh v obliki omejevanja teh zalog.
Omejevanje pa seveda ne pomeni povsem prekiniti. Nemško poveljstvo si tega ni moglo privoščiti, ampak je na podlagi izkušenj bitke za Atlantski ocean od prvih dni napada na ZSSR organiziralo sistem konvojev na Baltiku. V južnih in vzhodnih vodah Baltskega morja so nastale počitniške prikolice, večinoma majhne, sestavljene iz 2-3 ladij, vendar z močnim spremstvom. Praviloma je spremljevalno prikolico sestavljalo 4–5 ladij različnih vrst, ladje z dragocenim tovorom pa bi lahko spremljalo po 8–9 ladij. In to kljub dejstvu, da so bili v konvojih v Atlantiku deleži med številom spremljevalnih ladij in transportnih ladij ravno nasprotni, saj je ena spremljevalna ladja v povprečju predstavljala 8 transportnih ladij.
V Baltskem morju so Nemci prikolicam zagotovili ne le zelo močno spremstvo, ampak tudi pokrov iz zraka in z obale. Poleg tega so v celoti izkoristili priložnost za vodenje prikolic v majhnih obalnih območjih, nedostopnih za podmornice. Nemci so ponoči poskušali mimo najnevarnejših odsekov poti, verjetnost odkrivanja s podmornicami je bila najmanjša; ob obali Švedske so Nemci večkrat kršili švedske teritorialne vode in se tako izognili napadom sovjetskih podmornic. Vse to je negativno vplivalo tudi na učinkovitost sovjetskih podmorniških sil.
Omeniti velja še en dejavnik, ki je še posebej značilen za sovjetske podmorničarje - njihov pogum, požrtvovalnost, disciplina, spretnost in zbiranje posadke. Te lastnosti sovjetskih mornarjev so jim pomagale vsiliti minska polja, napadati v težkih razmerah in pogosto pobegniti v kritičnih situacijah. Žal je bila to pomanjkljivost pomanjkanja bojnih izkušenj pri večini poveljnikov in osebja. Med sovražnostmi je bilo treba pridobiti izkušnje in za to pogosto plačati najvišjo ceno.
